TA的每日心情 | 2019-9-28 10:21 |
---|
|
群体药物动力学:NONMEM程序简介
1.组成 v[|iuOU
NONMEM程序包(简称NONMEM)是由美国加州大学的NONMEM课体组依据非线性混合效应模型理论,用FORTRAN语言编制成的应用软件,主要用于估算临床监测药物的群体参数,并已向其它领域及更深层的应用发展。主要由三大模块组成。NONMEM模块;PREDPP模块;NM-TRAN模块。 4Ek< 5s[
2.运行环境 sooh yK8
NONMEM在编译、连结、运算过程中需要较大的随机内存,大量硬盘空间,较快的运算速度,一般较理想的运行环境为:8MB内存、200MB以上硬盘、浮点协处理器、UNIX操作系统、FORTRAN编译库,即SUN3以上工作站机型。这一要求限制其在国内的推广应用。南京军区总医院、沈阳军区总医院先后引进了NONMEM LEVEL2.1,及使NONMEM在微机的窗口操作环境下使用的NM-WIN,使NONMEM在内存为8MB以上的486、586微机上顺利运行,有利于国内进一步扩大NONMEM的应用。 }"8_$VDcz
3.NONMEM的安装 #X8[g_d/
(1) 安装MS FORTRAN 5.1 在DOS环境下,运行FORTRAN5.1的安装执行文件,按提示作必要的选择,安装后需对config.sys 和autoexec.bat文件进行修改,确定files=64,buffers=30,满足NONMEM使用时,同时打开大量文件,并设置FORTRAN编译库的文件路径,然后重新启动系统。 +?<j SmGW
(2) 安装NM-WIN和NONMEM原代码 NM-WIN是为使用NONMEM而开发的平台,兼有安装、调试、编译、运行的功能,使操作简单。在WINDOWS文件管理器中,运行NM-WIN的安装执行文件,建立NM-WIN和NONMEM所需的相关目录路径,将NONMEM源代码拷入相应的子目录,并将大文件拆分为适合编译的小文件。 lV 9q;!/1
(3) NONMEM的编译 在NONMEM的实际编译中MS FORTRAN5.1 库(llibfew.lib)不能满足大量文件的需要,NM-WIN中设置了LIBUPDAT。BAT批处理文件,改进和扩展编译库功能,使其能同时处理64个目标文件,键入并执行命令LIBUPDAT(在微机上应用NONMEM必须完成此步,才能进行NONMEM和NM-TRAN三大模块的编译过程),然后利用NM-WIN提供的MAKEME.BAT文件可简便完成编译。整个安装和编译过程需2-3小时。 e)7)~g54
4.NONMEM的使用 ?*@h]4+k'
(1) NM-WIN的使用 Esjv^* v9-
启动WINDOWS系统,双击NM-WIN图标,使其成为如图窗口(见图) {<2Zb N?
在control File 文件框中输入控制文件名 csaconl.txt, 点击NEW按钮,编译新的控制文件;点击EDIT按钮,修改已有的控制文件。在Data File 文本框中输入数据文件csadata.txt,点击NEW或EDIT按钮进行编译或修改。在REPORT FILE 文本框中键入结果输出文件csarepl.txt ,NONMEM运行结束后将结果写入该文件。Working dir 是以上文件所在目录。建立NM-TRAN格式的csaconl.txt 和csadata.txt后点击RUN NM-TRAN 按钮完成NONMEM运算。在NM-WIN窗口中还有Advanced options按钮,点击后进入另一级菜单,显示与修改NM-TRAN已处理过的控制和数据文件。 xD=D *W
(2)、NM-TRAN控制文件 >DRs(~|V#
每一个记录以$开头,PROBLEM记录为解释语句,简要说明将完成的任务;INPUT记录指明数据文件中每列数据的含义,其中ID为每一个个体的标识号,TMIE为给药或取样时间,AMT 为给药剂量,DV为血药浓度,WT,AGE,SEX分别为患者的体重、年龄、性别,DAY指肾移植术后时间;DATA记录指明数据文件名;SUB记录指明NONMEM拟合数据时需调用的PREDPP子程序,ADVAN2为口服一室模型;PK记录指明药动学参数THETA(1),THETA(2)、THETA(3),分别代表CL,Vd, Ka,固定效应参数THETA(4)、THETA(5)THETA(6)分别考察WT、SEX、DAY对CL的影响;个体间变异ETA(1)、ETA(2)、ETA(3);ERROR记录指明残差变异EPS(1)。THETA记录设置THETA参数的初值,及上下限;OMEGA记录设置ETA参数初值;SIGMA记录设置EPS参数初值;EST记录指示NONMEM获得各类参数估计值;COV记录指示NONMEM获得各类参数的标准误;TABLE记录标明结果文件中数据表所列内容;SCAT记录指明散点图的纵横坐标及其格式。 |
|