1918年,经加拿大英美会总部同意,米玉士在医院开办了药学专修班,并参照加拿大安大略省的药学课程进行安排。1921年,专修班共有纪干晟、蒲谷邨两名学生毕业,其中纪干晟在大学留任教师。米玉士的妻子艾德娜在师徒三人的合影背后写下了一段留言:“米玉士和最近毕业的的两名药学学生,他们通过了毕业考试。其实,由于某种原因,虽然他们取消了一两门科目,但是他们的学习时间是够了的,而且很快会把这些科目补上的。我会把他们毕业情况说明发给你的,这也是我写给《华西教会新闻》、《志愿者公报》和其他媒体的内容。一旦这些被报导来,我就会把它发给你。”虽然药学专修班只办了一届,但这仍被视作是华西药学走向专业化教育的肇始。与此同时,英美会总部还批准制药专修学校与医院合作开办售药部,由售药部制造的药剂不仅用于医院,还可对外销售。这既降低了医院的用药成本,又能通过售药让医院和学校获利,展现了很好的前景。此时,他又再次提出在华大建立药学专业。1924年,由米玉士撰写的《药学基础》(Fundamentals of Pharmacy)成为医学院通过C.M.A(中华医学会)出版发行的第一本专著。尽管如此,他为大学创建药学专业的建议于1925年再次被董事会否决,理由是“鉴于目前中国的形势及所存在的问题,现在要扩大学校的规模和人员是不现实的”。
在米玉士的不懈努力以及卓慧淑贤的夫人协助下,在大学终于度过20年代后期的动荡之后,创建药学专业的立案终成定局。1932年,从化学系转来三名学生,从医科又转来一名,组成了制药第一班,制药系正式建立。其宗旨是:“造就德,智、体优秀之中国学生,授以制药之专门知识和技术,并在华西区域建设及发展最新之制药事业,使有专门之基础,以服务社会。华西为生产药材最富之区域。该系之主要目的,在于预备制药人才,俾于毕业后,从事研究并制造医学上应用之药品,福利于人群。”制药系学制四年,学生需学习28门课程,其中专业课16门,学籍管理十分严格,毕业后授予药学理学士学位(Degree of B.S. in Pharm)。校方只给予开办费500银元,常年经费600银元,不足之处仍要米玉士自己筹措。教室、实验室借用了医院的一角。图书仪器募于国外,仅能供学生十人之用。尽管制药系在创建之初困难重重,但在米玉士的领导下还是很快发展起来。1932年,大学又对外招生12人,学生人数总计达到16人。1934年,仅有李兴隆、曾凤仪、杨惠裳、谭素云四名学生毕业,李、曾二人留校任助教。到1935年,教师就有冯大然、詹大经、启真道、高文明、冷乐施、彭子富、方瑞芝、德希德、纪干晟等12名。华西药学系虽然创建较晚,但在抗战时期得到大发展,发展至今已成为中国现代高等制药教育机构之一。